目前，FAT16文件系統通常只用于容量不大的存儲卡，誤格式化時也通常被格式化成同類的FAT16文件系統。
在默認情況下，格式化程序會自動以一個較為適合的參數設置進行格式化，對于同樣大小的存儲介質，這個參數組成通常是相同的。這也就意味著，新建里的文件系統，除DBR為之一定重合外，它的FAT1、FAT2及根目錄位置都有可能是重合的。換句話說，新文件系統的建立過程就是清除原FAT1、FAT2和根目錄的過程。
如果是FAT16以同參數重新格式化為一個新的FAT16，由于其根目錄被破壞，直接存放于根目錄下的文件將無法以目錄結構的方式恢復，因為它們的目錄項已經不存在了，恢復程序無法得知他們的存在，要想恢復這些數據，只能根據文件類型進行恢復。
另外，由于根目錄的丟失，在根目錄下建立的文件夾，其名字將無法恢復，這也是因為它們的目錄項已經不存在了。數據恢復軟件只能搜索二級子目錄，并由二級子目錄開始向下一級子目錄伸展，從而形成目錄樹結構。
這個過程，也要取決于子目錄的大小，因為如果一個子目錄較大，不只占用一個簇，同時如果為其分配的多個簇間又不是連續存儲的，恢復軟件將無法判定他們之間的關系，只能將后續簇作為一個獨立的子目錄進行處理。
還有，FAT表丟失后，其數據的可恢復性取決于數據是否是連續存儲的。對于目錄項完好且連續存儲的數據，可以完整地恢復。片段化的文件將難以完整地恢復，除非單獨進行碎片分析與整理，而這要取決于該類型文件是否存在可以利用的結構特征。 |
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